Những người chống Fidel Castro

Có giả thuyết cho rằng thất bại của Kennedy trong việc hỗ trợ những người dân Cuba lưu đày chống Fidel Castro trong vụ Vịnh con Heo (lật đổ chính quyền cộng sản Castro ở Cuba) đã làm trở thành nguyên do trả thù cho những người này. Trong vụ Vịnh con Heo, Tổng thống Kennedy đã đỡ đầu cuộc lật đổ, tuy nhiên ông này rút không quân yểm trợ về và từ chối việc dùng quân lực Mỹ để giúp đỡ. Những người này trong thời điểm đó vẫn còn đang được CIA huấn luyện.

Chống việc tháo bỏ nạn phân biệt chủng tộc

Có giả thuyết cho rằng Kennedy và Martin Luther King, Jr. bị ám sát để làm chậm đi sự tiến bộ trong đấu tranh xã hội của người Mỹ gốc Phi (cả hai nhân vật đều ủng hộ sự bãi bỏ nạn phân biệt chủng tộc giống với Lincoln).

Cục tình báo trung ương

Là một thuyết tương đối nổi trội, có nhiều người cho rằng CIA cố gắng thủ tiêu Kennedy sau khi ông muốn giảm quyền lực của cơ quan CIA.

Các băng nhóm tội phạm

Fidel Castro

Chung quy, quan hệ giữa Kennedy và Fidel Castro không hề tốt đẹp. Nên chú ý rằng đây là vào thời kỳ Chiến tranh Lạnh giữa hai hệ tư tưởng: Mỹ với chế độ tư bản và các nước xã hội chủ nghĩa với chế độ cộng sản.

Kennedy và CIA đều có nhiều kế hoạch nhằm lật đổ hay thủ tiêu chính quyền Fidel Castro, đáng để ý là cuộc xâm lược Vịnh con Heo do Mỹ đỡ đầu. Fidel cũng có lần công bố cảnh báo các vị lãnh đạo của Mỹ sẽ gặp nguy hiểm khi mưu toán tới việc giết ông này.

FED

Fed (Cục Dự Trữ Liên Bang Mỹ) bị đe dọa mất nhiều quyền lực dưới thời Kennedy. (Ví dụ như Công lệnh 11110 được Kennedy ký.)

Vấn đề này cũng được nhiều người cho rằng là nguyên nhân của các cuộc ám sát Tổng thống trước như Abraham Lincoln, James Garfield và William McKinley.

Ngộ sát do mật vụ George Hickey

Trong quyển sách "Mortal Error", giả thuyết đưa lên rằng Lee Harvey Oswald đã có kế hoạch ám sát Kennedy, và cũng đã làm ông này bị thương bằng (những) phát đạn đầu tiên. Tuy nhiên, vết thương gây tử vong của Kennedy là do một tai nạn, khi đặc viên mật vụ George Hickey sơ ý cướp cò súng sau xe của Kennedy.

Hickey phủ nhận nhận định trên.

Chính quyền Israel

Chính quyền Israel đã phẫn nộ trước áp lực của Kennedy về chương trình vũ khí hạt nhân bí mật của nước này, và trước sự đồng cảm của ông này với người Ả Rập.

Phó Tổng thống Lyndon B. Johnson

Phó tổng thống đương nhiệm Lyndon B. Johnson có lẽ là người đạt được nhiều quyền lợi nhất từ cái chết của Tổng thống Kennedy. Dễ thấy, theo Hiến pháp Hoa Kỳ thì ông này sẽ lên làm tổng thống. Chính ông cũng đã nói khi nhậm chức Phó tổng thống là "Trong 4 tổng thống thì 1 bị ám sát, có thể tôi sẽ gặp may mắn?" Thái độ của Johnson khi nhậm chức Tổng thống trên Air Force One ngay sau khi Kennedy qua đời cùng với Nhật ký Nhà trắng của Lady Bird - vợ của Johnson - cũng đáng bàn cãi.

Quan hệ giữa Kennedy và Johnson cũng không hề tốt đẹp gì trong nhiệm kỳ Kennedy. Thực tế thì Kennedy có ý định bãi nhiệm ông này.

Một số người khi viết tiểu sử cho Johnson tin rằng ông này có máu cầu tiến trong chính trị và ham muốn quyền lực.

FBI

Thuyết về công nghệ quân sự

Tổng thống Kennedy có những ý định rút các dính líu, đầu tư quân sự vào Việt Nam sớm (có thể Chiến tranh Việt Nam đã không xảy ra nếu ông sống và thực hiện các kế hoạch này).

Sau khi ông này qua đời, Phó tổng thống lên thay Lyndon B. Johnson là người chịu trách nhiệm cho việc leo thang chiến tranh ở Việt Nam.

Thuyết về công nghiệp dầu

Các nhà buôn bán dầu ở Texas (cùng với những nhà băng hợp tác với họ) đã đối mặt trước việc thất thoát lợi nhuận dưới những chính sách của Kennedy.

Tội phạm có tổ chức và CIA

Thuyết này được bắt đầu khi nhiều người cho rằng các băng nhóm tội phạm có tổ chức gặp nhiều tấn công dưới những chính sách của các tổng thống, trong đó đặc biệt có Kennedy.

Các băng nhóm này có liên hệ mật thiết với CIA trong việc cố gắng lật đổ chính quyền Castro. Xem thêm: Chiến dịch Mongoose.

Chính quyền Xô Viết

Chính quyền Xô Viết cũng được cho là có dính líu đến việc dàn dựng ám sát Tổng thống Kennedy, khi mâu thuẫn giữa Mỹ và Liên bang Xô Viết trong Chiến tranh Lạnh ngày càng căng thẳng.

Phản ứng của công chúng Mỹ ngay sau cuộc ám sát là hoang mang trước một nguy cơ tấn công của Xô Viết, mà Kennedy là mục tiêu đầu tiên.

Cuba, Xô Viết

Như một số các thuyết trên, mâu thuẫn của chế độ cộng sản và Mỹ lên rất cao. Có nhiều người cho rằng Lee Harvey Oswald được chế độ cộng sản nước ngoài tiếp tay. Oswald được biết là một người theo chủ nghĩa Marx, có sống ở Liên bang Xô Viết và có bằng chứng ghi nhận là ông này ủng hộ chính quyền Castro. Tuy nhiên, Oswald từ chối các buộc tội, và nhận mình là một người bị lợi dụng.